Начало сюжета совпадает с началом Шиппундена:
Наруто вместе с Джирайей вернулся в Коноху после трех лет тренировок, Коноха живет своей жизнью. Орочимару до поры не подает признаков жизни, притихла и организация Акацки.
Но при этом ни у кого не остается сомнений - и Орочимару и Акацки не дремлют, всего лишь выжидая удобного момента для реализации своих планов. И момент этот настает, когда Орочимару обнаруживает, что, помимо известных Девяти Биджу существует Десятихвостый, Дзюби, демон - белый тигр вечного льда, чье местоположение находится в стране сега. Дабы проверить силу своего ученика Саске, Орочимару посылает его, чтобы захватить Дзюби.
В это время Акацки извлекают Семихвостого из второй пойманной ими джинчуурики по имени Фуу. Но во время ритуала Семихвостый вырывается на свободу и уничтожает статую. Теперь Акацкам нужно найти другой способ удерживать и извлекать из джинчуурики биджу, и, по слухам, этот легендарный предмет под названием Весы Девяти Планет есть у Орочимару.
В Конохе тоже неспокойно - в деревню прибывают посланники из Деревни Скрытого Облака, Кираби и Югито, сообщающие о нарастающей угрозе со стороны Акацук.

Когда Саске находит Дзюби, тот отказывается от поединка и сбегает с поля боя, оставив Саске с пустыми руками. Дзюби приходит в Суну, и узнает об угрозе со стороны Акацуки. Рассердившись, он решает уничтожить всех врагов Биджуу и заключает договор с Гаарой.

Теперь всем джинчуурики нужно объединиться, чтобы пережить двойной натиск со стороны Орочимару и Акацки.